Hoje a Arima Genomics, Inc., uma empresa de biotecnologia focada em acelerar a adoção de informações de estrutura do genoma para pesquisa médica, diagnóstico e terapia, anunciou o lançamento comercial completo do dispositivo HiChIP, construído com base em sua plataforma existente Arima-HiC. Com esse lançamento, agora os pesquisadores podem obter interações de cromatina de longo alcance especificamente enriquecidas em locais genômicos ocupados por proteínas de interesse em um único experimento, permitindo acelerar a descoberta e publicação com a redução de custos.
Esse lançamento público representa o encerramento de programas bem-sucedidos de desenvolvimento de mercado e de testes preliminares que geraram comprovação adicional da necessidade comercial, melhor desempenho do produto com controle de qualidade avançado e forneceram um feedback valioso com base nas validações de clientes. “Estamos muito satisfeitos com os dados obtidos por meio do protocolo Arima HiChIP”, disse Tamas Ordog, professor de fisiologia da Mayo Clinic. “Os resultados mostram ótima reprodutibilidade e uma excelente qualidade geral, e o kit economiza tempo e custo de sequenciamento. Valorizamos particularmente as etapas diretas de controle de qualidade e a facilidade de uso – no geral, o Arima HiChIP é de grande valor”. O líder de opinião Peter Scacheri, professor da Case Western University e membro do Case Comprehensive Cancer Center, declarou: “Estamos satisfeitos com a natureza informativa e a qualidade dos dados do Arima-HiChIP”.
Os dados do HiChIP podem informar os fundamentos mecanicistas da regulação de genes e como eles eventualmente levam a um estado de doença. “O enriquecimento das características da cromatina ativa por meio de H3K27ac ou H3K4me4 HiChIP viabiliza a descoberta de eventos de loop de cromatina em alta resolução que facilitam o controle gênico em células-tronco musculares durante a transição de um estado de inatividade para seu papel com a diferenciação em miofibras em regeneração, durante a regeneração muscular em condições saudáveis, envelhecimento ou doenças como distrofias musculares”, disse Lorenzo Puri, professor do Programa de desenvolvimento, envelhecimento e regeneração do Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute.
Por meio do reconhecimento do valor do HiChIP e com a ausência de kits comercialmente validados, a comunidade científica tem feito essa bioquímica de maneira caseira. “Temos produzido o HiChIP de maneira caseira porque ele fornece informações críticas que foram obtidas anteriormente durante experimentos isolados com HiC e ChIP-Seq”, afirmou Yin Shen, professor assistente da University of California, em São Francisco, que estuda a genética da neuropsiquiatria. “O Arima-HiChIP gerou níveis superiores de qualidade e reprodutibilidade de dados mesmo em nossas amostras neuronais diferenciadas terminalmente e mais desafiadoras, nas quais nossa versão caseira falhou anteriormente, poupando-nos dos custos significativos da repetição”.
O feedback e os dados gerados pelos primeiros clientes também ajudaram a entender o posicionamento do HiChIP no contexto de ensaios relacionados, como HiC e ChIP-Seq. Em particular, enquanto o HiC reflete a estrutura global da organização do genoma, o HiChIP enriquece as interações de cromatinas-alvo originárias de locais genômicos específicos de interesse da pesquisa. Dependendo dos requisitos do estudo, um pesquisador pode aproveitar o HiC abrangente, o HiChIP com resolução mais refinada ou ambos. “A análise combinada desses dados do HiChIP com os dados do nosso HiC em todo o genoma é essencial para o entendimento das estruturas compartimentais e topológicas mais amplas que influenciam a regulação dos genes, mas também das conexões de maior resolução entre elementos cis-reguladores específicos”, acrescentou Puri.
É importante ressaltar que, como os dados de interação da cromatina do HiChIP refletem o dobramento (e erros no dobramento) próprios do genoma em três dimensões, eles também podem informar aspectos de genes mal regulados em um cromossomo reorganizado do câncer – percepções cruciais que não são obtidas em experimentos do tradicional ChIP-Seq. “Não apenas observamos interações cis-reguladoras intracromossômicas em genomas do câncer, como também interações cis-reguladoras ectópicas intercromossômicas em cromossomos rearranjados. Acreditamos que esses dados ajudarão a delinear melhor a relação entre eventos genéticos e epigenéticos impulsionadores do câncer”, acrescentou Scacheri.
Em resposta às necessidades de análise de dados dos clientes, a empresa colaborou com parceiros acadêmicos a fim de otimizar ferramentas de bioinformática de código aberto validadas pela comunidade, como o MAPS. O pipeline do Arima MAPS gera automaticamente estatísticas de controle de qualidade fáceis de compreender e, com um simples clique de um botão, gera mapas de calor de interação de cromatina e gráficos de arcos para visualização fácil em navegadores de genoma. Além das análises de dados simplificadas, o foco da empresa para aprimorar a experiência de serviço e suporte ao cliente faz parte de seus esforços contínuos que visam otimizar o processo da amostra até a descoberta e publicação. “A equipe de suporte técnico da Arima foi excelente”, acrescentou Ordog.
A empresa desenvolveu o HiChIP com base em sua plataforma Arima-HiC existente para ativar tanto o HiC como o HiChIP a partir de um kit universal Arima. Além disso, a empresa ampliou suas operações e fortaleceu sua equipe comercial para tornar esses kits acessíveis globalmente. “O lançamento de nossos kits e serviços Arima-HiChIP validados pelos clientes representa um marco significativo, porque permite a comercialização tanto de uma abordagem HiC direcionada quanto de um aprimoramento ao ChIP-Seq tradicional”, disse Joseph Spidle, diretor comercial da Arima Genomics. “Nosso objetivo é adicionar aplicativos significativos e cientificamente relevantes à plataforma Arima-HiC conforme democratizamos a disponibilidade de percepções estruturais genômicas para acelerar a pesquisa básica e relacionada a doenças”.
Sobre a Arima Genomics
A Arima Genomics, Inc. é uma empresa de biotecnologia que procura acelerar a compreensão da estrutura e sequência do genoma e de seu papel na saúde, doença e evolução das espécies. Para mais informações, acesse: http://www.arimagenomics.com.
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